mt-rebuildの件、一応解決しました。（って言っていいのかな？ ^^;）
実際に出力されていたメッセージは
Use of uninitialized value in string eq at 〜/plugins/Recents/Recents.pl line 87. Use of uninitialized value in string eq at 〜/plugins/Recents/Recents.pl line 88. Use of uninitialized value in string eq at 〜/plugins/Recents/Recents.pl line 87. Use of uninitialized value in string eq at 〜/plugins/Recents/Recents.pl line 88. (in cleanup) Can't call method "registry" on an undefined value at lib/MT/Component.pm line 558 during global destruction.
実のところmt-rebuild自体の問題ではなく、スタンドアロンで実行してる故に見えてしまっている問題で、2種類の原因がありました。
一つはメッセージにあるようにRecentsというプラグインが原因のもの。
ググってみたら、まさにズバリの情報が見つかりました。
cronの設定ではまってる・・・part2（解決編ｗ）：世界最小のポータルサイトを目指しているみんなでねっと！のスタッフブログです。
同じように修正したところ、メッセージは出なくなりました。
もう一つの方は、いつもチェックさせていただいている「小粋空間」さんの今日のエントリーで丁度話題になってました。
それによるとどうやらMT自体の問題らしい。
次のバージョンでは直るっぽいけど、それまでの間、というか内容次第では次のバージョンへのアップグレードは見送るかもしれないので、当面の対応として上記エントリーのようにエラー出力を/dev/nullにリダイレクトしておこうと思います。
これで何とか4.26への移行完了かな。(^^;)