大分間が空きましたが、今回は一部処理の改善を行いました。
HTMLの構築にもjQueryを利用していたのですが、それだと素で（document.createElement等で）処理するよりも処理が遅くなるようで、ブックマーク数がかなり多い場合により影響があるらしいので、jQueryを使わないで素で構築するよう変更しました。実際その部分の処理は大分速くなりました。
ただ、そもそも最初のブックマークのデータを取得する処理自体（関数を一発呼ぶだけ）に時間が掛かるため、全体で見るとそこまで劇的に速くなりません。
も一つ気になるのは、フォルダのレイアウトが全部終わってから表示されるため、その分を短縮しようと思い、ある程度レイアウトが終わったタイミングで画面に表示されるよう手を入れてみました。
ちなみに手動でレイアウトを変更している場合は、自動レイアウトするよりもさらに速く画面が表示されると思います。
前述のように最初に時間が掛かってしまうのは如何ともしがたいのですが、その後については大分改善できたんじゃないかと思われます。
あと最初の処理で待ってる間には、いわゆるローディングアニメーション（スピナー）が表示されるようにもしてみました。
お試しください。