mt-rebuildの件、一応解決しました。（って言っていいのかな？ ^^;）

実際に出力されていたメッセージは

Use of uninitialized value in string eq at 〜/plugins/Recents/Recents.pl line 87.

Use of uninitialized value in string eq at 〜/plugins/Recents/Recents.pl line 88.

Use of uninitialized value in string eq at 〜/plugins/Recents/Recents.pl line 87.

Use of uninitialized value in string eq at 〜/plugins/Recents/Recents.pl line 88.

	(in cleanup) Can't call method "registry" on an undefined value at lib/MT/Component.pm line 558 during global destruction.

実のところmt-rebuild自体の問題ではなく、スタンドアロンで実行してる故に見えてしまっている問題で、2種類の原因がありました。

一つはメッセージにあるようにRecentsというプラグインが原因のもの。
ググってみたら、まさにズバリの情報が見つかりました。

cronの設定ではまってる・・・part2（解決編ｗ）：世界最小のポータルサイトを目指しているみんなでねっと！のスタッフブログです。

同じように修正したところ、メッセージは出なくなりました。

もう一つの方は、いつもチェックさせていただいている「小粋空間」さんの今日のエントリーで丁度話題になってました。
それによるとどうやらMT自体の問題らしい。

Movable Type 4.26 のスケジュールタスク実行時に、次のエラーが発...

次のバージョンでは直るっぽいけど、それまでの間、というか内容次第では次のバージョンへのアップグレードは見送るかもしれないので、当面の対応として上記エントリーのようにエラー出力を/dev/nullにリダイレクトしておこうと思います。

これで何とか4.26への移行完了かな。(^^;)